Cá sấu Cuba là một loài nguy cấp, được liệt kê trên phụ lục 1 CITES. Nơi sống và phạm vi bị giới hạn của nó làm cho nó rất dễ bị tổn thương. Con người đã săn bắt loài này khiến nó gần như tuyệt chủng. Hiện vẫn còn nhiều nghiên cứu được thực hiện trên các quần thể hoang dã còn lại. Loài này được đại diện nuôi nhốt ở Hoa Kỳ, nơi mà các dự án cho sinh sản đang diễn ra. Đã có vấn đề trong quá khứ với việc lai giống, đặc biệt là với cá sấu Mỹ, hạn chế các gen tinh khiết của loài này[8][11].